Cơ cấu tổ chức của trường gồm 25 đơn vị trực thuộc Ban Giám hiệu. Đó là:

1. Phòng Tổ chức - Cán bộ,
2. Phòng Đào tạo,
3. Phòng Hành chính – Quản trị,
4. Phòng Kế hoạch – Tài chính,
5. Phòng Quản lí khoa học – Hợp tác quốc tế,
6. Phòng Học sinh - Sinh viên,
7. Phòng Thanh Tra,
8. Phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng,
9. Thư viện;
10. Trung tâm Ngoại ngữ  - Tin học,
11. Trung tâm ứng dụng Kỹ thuật Nông nghiệp - Sinh học,
12. Tạp chí Khoa học;
13. Khoa Kỹ thuật - Công nghệ,
14. Khoa học tự nhiên,
15. Khoa học xã hội và nhân văn,
16. Khoa Ngoại ngữ,
17. Khoa Giáo dục Tiểu học và Giáo dục Mầm non,
18. Khoa Kinh tế,
19. Khoa Nông nghiệp,
20. Khoa Giáo dục Thể chất và Giáo dục Quốc phòng,
21. Khoa Nghệ thuật,
22. Khoa Lí luận chính trị,
23. Khoa Sư phạm.

Tổng số cán bộ giảng viên toàn trường (2020) là 200 người (giảng viên 149; nhân viên 51). Trường Đại học Phú Yên đang triển khai chiến lược xây dựng đội ngũ cán bộ giảng viên và định hướng đến năm 2020 có 60% thạc sĩ, 35% tiến sĩ trong tổng số giảng viên tương ứng với quy mô đào tạo khoảng 12.500 sinh viên.